Будівництво генетичну карту хромосоми 3 Arabidopsis Thaliana за допомогою програми картограф

За допомогою програми картограф може визначити зв'язок груп на основі аналізу двох точках. Потім здійснюється управління локусів. Це дасть ряд інструкцій для програми:

1> підготувати дані cromo3.raw cromo3.raw або ПД. Дозволяє завантажувати файл даних, в цьому випадку файл cromo3.raw.

2> Фото tutorial.out. Для зберігання результатів.

3> послідовність всіх або всі. Це скаже програми, які ви хочете, щоб проаналізувати всі локусів. Також можна аналізувати лише певні локуси введення з 1 2 3 4, наприклад.

4> Групи або гр. Ця команда визначає групи картограф зв'язку. Врахуйте, що два локусу пов'язані, коли LOD вартість дорівнює або перевищує 3 та максимальну відстань становить 50 см. У цьому випадку, ми отримали одну групу зв'язку:

Группа1 = 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18

5> послідовності (1 2 3 4 5 6 7 8) або (з 1 2 3 4 5 6 7 8). Для того щоб замовити локусів виявлені.

6> порівняти. Визначає, накази або карт методом максимальної правдоподібності і наказав від більшого до меншого ймовірно. Програма відображає 20 кращих, з яких близько найкращого, це:

1 2 3 4 5 6 7 8

7> з 1 2 3 4 5 6 7 8 або з order1. Через цю заяву ми вибираємо кращих, щоб отримати згодом відстані між локусами.

8> карті. Для отримання карти. Результат:

9> спробувати у вересні 1910 року. Таким чином, ви можете ввести локусів 9 і 10 в раніше побудовані карти. У результаті цих локусів після безлічі 8. Але не знаю, на першому місці, незалежно від того локусу, у вересні або жовтні. Таким чином, геометричне місце посідає перше місце 10:

10> з 1 2 3 4 5 6 7 8

11> 10 спробувати. Встановлено, що локус після локусу 10, 8.

12> з 1 2 3 4 5 6 7 8 10. Замовити вводиться з 10 локусу.

13> спробувати 9. Він відзначає, що локус 9 між 8 і 10.

14> з 1 2 3 4 5 6 7 8 вересня 1910

15> спробувати 12

16> з 1 2 3 4 5 6 7 8 9 жовтня 1912

17> спробувати 11

18> з 1 2 3 4 травня 6 7 8 9 10 11 12

19> спробувати 15

20> з 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 грудня 1915

21> спробувати 13

22> з 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 13 грудня 1915

23> спробувати 14

24> з 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15

25> спробувати 17

26> з 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 17

27> 16 18 спробувати

28> з 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18. Якщо у вас є для всіх локусів побудована на карті:

29> карті. Результат:

• Будівництво генетичну карту хромосоми 3 Arabidopsis Thaliana за допомогою програми JOINMAP

JOINMAP програми відкривається файл? Новий проект, збережіть файл як cromo3.jmp. Потім дані завантажуються з завантаження даних, знайдіть файл cromo3.raw.

Темпи зростання населення є RI10 (F1), число локусів становить 18 і 162 Чи є людина (рис. 1).

JoinMap 3,0 вт, 10 лютого 2009, 22:04

Ліцензія на: Це оцінка ЛІЦЕНЗІЇ з обмеженою функціональністю!

локусу генотипу файл: C: Документи і SettingsAdministratorDesktopDOCTORADOHERRAMIENTAS Informatica. Застосування в генно І BIOLOG.CELULProgramas з MapasMAPMAKERcromo3.raw

Населення ім'я: cromo3

Населення типу: RI10

Nr. локусів: 18

Nr. фізичних осіб: 162

Остаточне число фізичних осіб: 162

Малюнок 1. Огляд.

У "Жінко Локус. Частотний ". Приділено обчислити Є 11 локусів з зірочку, яка означає, що вони не відокремити добре, не підходить 1:01 сегрегації (рис. 2). Ці локуси повинні бути вилучені, й інша причина для видалення локусів буде те, що різні маркери не були у великій кількості людей. У цьому випадку, локус 9 не було проаналізовано в п'яти осіб, яка не дуже значним, враховуючи, що Є 162. У принципі, не видаляти будь-які локусів для аналізу.

Рисунок 2. Генотипів локусів.

У "Індивідуальні Жено. Частотний. "(Мал. 3) показує, що Є особи, які відсутні велика кількість маркерів, так що ми не повинні видалити будь-якої людини. У цьому розділі також визначає відсоток гомозиготних типу "а" і "б" і гетерозиготних (в даному випадку немає маркера гетерозигот). Наприклад, для локусу 5, 18 осіб гомозиготних типу "а", локусу 3 Є 8 типу "а", 9 типу "B" і індивідуальний, в якому цей маркер не виявлено.

Малюнок 3. Генотипів людей.

Ми також проаналізували схожість локусів (рис. 4), показуючи, що локус 17 і 18 дуже схожі, з 96% схожості. Крім того, ми розрахували схожість між людьми дорівнює 1 у всіх випадках (рис. 5).

Малюнок 4. Схожість між локусами.

Малюнок 5. Схожість між окремими особами.

Для визначення груп зчеплення, надається вирахувати "угрупування LOD". Як показано на Малюнку 6 є тільки одна зв'язок групи з Lodscore значення між 3 і 10. Цей зв'язок група складається з 18 локусів.

Малюнок 6. Існуючі груп зчеплення на хромосомі 3 з Thaliana Arabidopsis.

Зв'язок груп також можуть бути представлені у вигляді дерева:

Малюнок 7. Існуючі груп зчеплення на хромосомі 3 з Thaliana Arabidopsis.

Програма може визначити Joinmap зв'язок слабка, сильна і підозрюваних. Слабкою зв'язку є ті, в яких величина частки рекомбінації (т) більше, ніж 0,45 або LOD значення менше 0,05, в той час сильної мати значення г менше, ніж 0,010 або LOD 10,0. Підозрюваних зв'язку з цим виникають, коли "г" коштує 0,6. У цьому випадку Є сильні і слабкі зв'язки (мал. але немає підозрюваних. У цьому випадку, було визнано, коли максимальне значення LOD зв'язку більше, ніж 20,77.

Слабка зв'язок сильного зв'язку

Малюнок 8. Сильна і слабка зв'язок.

Тоді отримати карту (рис. 9), цифри зліва є генетичні відстані з посиланням на першого маркера.

Малюнок 9. Генетична карта

Карта текст у 18 локусів спостерігаються в групі 1, та їх генетичних відстаней, а також послався на першу закладку:

Рисунок 10. Генетичні відстані.

На малюнку 11 показано розрахунку частоти генотипів локусів. Деякі локусів не відокремити добре, а на столі зірочкою.

Рисунок 11. Генотипів локусів

Якщо виключити локусів, позначених зірочкою, то звідси випливає, що немає ніякого зв'язку тільки слабкі і сильні підозрюваних. Карти та частоти генотипів по кожному локус показані на малюнку 12.

Рисунок 12. Генетична карта і генотипів локусів

Схожі повідомлення:

• Генетична мінливість у природних популяціях: виявлення, кількісна оцінка і значення
• Мутація і еволюції
• Micromutación
• Ремонт механізмів ДНК
• Імпрінтінг